Biķeru draudze sāka veidoties 17. gs. vidū, kad Rīgas rāte nolēma izveidot pilsētas lauku novadā vairākas atsevišķas draudzes – Piņķu, Olaines, Katlakalna, Salaspils un Biķernieku. Pirms tam pilsētas lauku novada iedzīvotāju garīgo aprūpi veica Rīgas Sv. Jēkaba, bet vēlāk Rīgas Sv. Jāņa baznīcas mācītāji.
1654.–1657. g. Rīgas rāte algojusi pastāvīgu mācītāju Biķernieku draudzē, kura tajā laikā ietilpa Rīgas pilsētas patrimoniālajā apgabalā. Pirmais mācītājs bijis Johans Krīgers.
1657. g. tiek uzcelts pastorāts. Līdz tam dievkalpojumi Biķerniekos notikuši kādā zemnieku mājā.
Apmēram 1694.–1696. g. tika uzcelta pirmā koka baznīciņa. Tā gan nav atradusies tagadējās baznīcas vietā. Ziemeļu kara laikā (1700–1721) koka baznīca tika nopostīta. Dievkalpojumi notika zemnieka Kampes mājās.
1764. g. decembrī Rīgas rāte pieņem lēmumu par saziedotajiem līdzekļiem būvēt jaunu baznīcu Biķerniekos.
1765.–1766. g. tika uzcelta mūra baznīca: 1765. gada 2. maijā tiek iemūrēts pirmais pamatakmens. No ieejas labajā pamata akmenī iemūrēts skārda šķirstiņš, kurā ieliktas kapara un sudraba monētas. Iemūrējums apklāts ar skārda plāksni, uz kuras iegravēts šāds uzraksts (sekojošais latviešu teksts bijis vācu valodā):
In Deo spes nostra!
regnante
ImperatrICeCatharina II
Ļauj šeit, ak, varenais Dievs, Tavam namam un templim būt,
Pasargi pilsētu un zemi, ļauj tecēt svētības straumēm,
Dodi visām kārtām veselību, uzplaukumu un svētību,
Par piemiņu ieliekam šo pirmo pamatakmeni.
Netālu no baznīcas atrodas kapi, kuros rakts jau kopš 1500. gada, tātad tie ir vecāki nekā pati draudze.
Baznīcas būves kuratora pienākumus uzņēmās Lielās Ģildes vecākais un tuvējās Granska muižas īpašnieks E. Heidefogelis. Būvdarbus veica mūrniekmeistars J. N. Bergs (iespējams, viņš ir arī projekta autors) un namdaris Albrehts; altāri un kanceli izgatavoja koktēlnieks K. G. Apelbaums.
1766. gada 1. oktobrī baznīcā notiek pirmais dievkalpojums. Dievnams tiek svinīgi atklāts, iesvētīts un nosauks par Biķernieku Sv. Katrīnas baznīcu. Tas ir atgādinājums par Krievijas ķeizarienes Katrīnas II ierašanos Rīgā un tās apvidū un viņas labvēlīgo piekrišanu baznīcas celšanai.
Vēlīnā baroka laikmetā uzceltā un baroka stilā ieturētā baznīca jau no tālienes skaisti izceļas uz apkārtējo mežu fona. Baznīcas krāsojumā – dzeltenbalti toņi. Dievnama galveno ieeju rotā klasicismam tuvs baroka portāls ar Rīgas ģerboni, kurā ietverts arī cariskās Krievijas simbols – divgalvainais ērglis.
1775. gada 19 . jūlijā Baznīcā iesper zibens. Altāra kreisajos sānos tiek piestiprināta metāla plāksne ar šādu uzrakstu (vācu valodā): “1775. g. 19. jūlijā, sestajā svētdienā pēc Trīsvienības dienas, īsi pirms dievkalpojuma sākuma zibens iespēra caur torni šinī baznīcā, bet nenodarīja nekādu lielāku postu, vien apsvilināja šo altāri. Saudzi, Tēvs, saudzi.”
1779. g. Biķernieku draudze iegūst pastāvīgu mācītāju. Līdz tam draudzes aprūpe gūlusies uz Jēzus baznīcas mācītāja adjunkta pleciem.
1782.–1801. g. Johans Kristofs Broce (1742–1823), apceļojot Juglas apkārtni, iegriezās Biķerniekos – no šī ceļojuma ir saglabājušies četri viņa zīmējumi, kuros attēlota Biķeru baznīca.
1875. g. dievnamā notiek lielas pārmaiņas – pirmkārt, tiek iebūvētas jaunas un pilnskanīgas ērģeles un, otrkārt, baznīcai piebūvē tam laikam lielu, plašu sakristeju. Lai to varētu veikt, tiek aizmūrētas divas lielas logu ailes, kas atradās altāra sienas malās. (Tās ir redzamas J. K. Broces zīmējumā.) Līdz ar to tiek atjaunots arī altāris, pārvietota kancele.
1893. g. pārbūvēts altāris un tajā ielikta mākslinieka Dītriha oriģinālaglezna “Kristus debesbraukšana”.
1893.–1894. g. tiek uzcelta mācītājmāja Rīgā, Šarlotes ielā 10. XX. gadsimta 70. gados tā tika nojaukta.
1908. g. tiek uzcelta filiālbaznīca – Krusta baznīca – pie Vidzemes šosejas, netālu no Aleksandra vārtiem. 1934. gadā tās draudze kļuva patstāvīga un atdalījās no Biķeru draudzes.
1926. g. notiek plaši remontdarbi – pārkrāsota baznīcas iekštelpa, soli, altāris, ielikta jauna kancele. 17. oktobrī Biķeru baznīcā notiek 160 gadu jubilejas dievkalpojums.
1932. g. Pieminekļu pārvaldes Pieminekļu valde nolēma ierakstīt valsts aizsargājamo pieminekļu sarakstā “Dreiliņu pagastā esošo Biķernieku ev. lut. Katrīnas baznīcu līdz ar iebūvēto iekārtu”.
1934. g. baznīcā tika ievilkta elektrību, tornim un sakristejai uzlikts jauns skārda jumts; torņa gailis un bumba zem tā apzeltīti, ierīkots zibensnovedējs.
1935. gada 16. jūnijā arhibīskaps Teodors Grīnbergs ieved mācītāju Pēteri Kleperi Biķeru draudzes mācītāja amatā.
1936. gada 12. jūlijā Biķeru baznīcā altāra daļā pie sienas tiek uzlikta melna granīta piemiņas plāksni 1. pasaules karā un Brīvības cīņās kritušajiem draudzes locekļiem.
1939. g. Biķeru kapos uzceļ jaunu kapliču.
1946. g. tiek kapitāli remontētas ērģeles. Kara laikā gājuši zudumā Svētā Vakarēdiena trauki, draudzes arhīvs. Okupācijas vara rekvizējusi baznīcas zvanu.
1967. g. draudzes darbība tiek pārtraukta, dievnams tiek atstāts likteņa varā. Baznīcas iekštelpas tiek izdemolētas un izlaupītas, soli tiek sadedzināti, iet bojā ērģeles, lustra, sakrālie trauki. Dievnamā uz kādu laiku tiek iekārtotas noliktavas, vēlāk tajā tiek būvētas pat jahtas, līdz beidzot ierīko kombināta “Māksla” vitrāžu darbnīcu. Tas, iespējams, pasargā dievnamu no pilnīgas izpostīšanas.
1989. gada Pūpolsvētdienā pēc 22 gadu pārtraukuma Biķeru baznīcā atkal notiek dievkalpojums – to vada virsmācītājs Roberts Emīls Feldmanis. Turpmāk dievkalpojumi notiek katru svētdienu. Mācītājs R. Feldmanis sev palīgā kalpot Biķeru draudzē aicina teoloģijas studentus – Māri Lukaševicu, Agri Sutru, Gundaru Bākuli u.c. Pēc draudzes darbības atsākšanās sākas arī dievnama atjaunošana. Kombināts “Māksla” uzliek jaunu kapara jumtu, izgatavo un uzstāda baznīcas tornī jaunu apzeltītu gaili (iepriekšējo šaudīdamies bija sabojājuši sarkanarmieši).
1991. g. Biķeru draudze iegūst pastāvīgu mācītāju – pēc ordinācijas draudzes mācītāja amatā stājas Aleksandrs Bite.
1992. g. tiek saņemts ziedojums no Vācijas Ziemeļelbas baznīcas – sākas ārējās fasādes un iekštelpu remonts. Dievnamā tiek uzbūvēts jauns – marmora – altāris, plašajā altāra telpā uzklāta arī marmora grīda, izgatavoti soli; savā vecajā vietā atgriezusies lielā baznīcas lustra, kura kādu laiku bija greznojusi Rundāles pils zāli; svētdienas skolas vajadzībām sakristejā tiek izbūvēts otrais stāvs.
1996. gada 6. oktobrī draudze svin sava dievnama 230 gadu jubileju – notiek pateicības dievkalpojums.
2003. gadā ar Ievas un Imanta Lancmaņu palīdzību negaidīti tiek atgūta 17. gs. glezna “Kristus pie krusta”, kas 1970. gada 23. jūlijā bija izzagta no dievnama sakristejas.
2005. gada jūnijā iznāk “Biķeru Draudzes Avīzes” pirmais numurs.
2005. gadā Biķeru dievnams tiek iekļauts Eiropas kultūras mantojuma Latvijas 100 sakoptāko kultūras pieminekļu sarakstā. Draudze pieaugusi līdz 458 reģistrētiem draudzes locekļiem.
2006. gada 1. oktobrī draudze svin sava dievnama 240. dzimšanas dienu. Dievkalpojumā sprediķi saka arhibīskaps Jānis Vanags. Kalpo mācītājs Aleksandrs Bite, evaņģēlists Guntars Baikovs. Svēto Rakstu lasījumus lasa Uldis Šneiders, ērģelniece – Elita Bite. Dievkalpojumu ar garīgām dziesmām pavada Biķeru draudzes vokālais ansamblis.
2006. gadā Biķeru dievnama tornim tiek pasūtīti un izgatavoti trīs jauni zvani. Par to gādājis draudzes loceklis Armands Kalniņš.
2009. gadā dievnamā notiek nozīmīgi remontdarbi – nomainīts griestu pārsegums, ieklāta bēniņu grīda, ielikti jauni ozolkoka logi, nokrāsotas sienas, uzstādītas nelielas (no Anglijas atvestas) ērģeles, izgatavots un uzstādīts otrs kroņlukturis (par tā izgatavošanu un uzstādīšanu gādājis Armands Kalniņš), kā arī veikti citi darbi. Dievnama interjers ieguvis jaunu veidolu.
2010. gada vasarā veikts dievnama ārsienu remonts un sakārtotas dažādas labierīcības.
2012. gadā tiek sākta draudzes mājas (Ķestermājas) tehniskā stāvokļa izpēte, kas nepieciešama pirms kapitālā remonta veikšanas.
2012. gada oktobrī tiek sākts sakristejas kosmētiskais remonts.
2013. gadā tiek veikts draudzes mājas, t.s., Ķestermājas, kapitālremonts. Jūnijā uzbūvētas kāpnes pie dievnama. Projekta autore Daiga Veinberga.
2016. gads ir Biķeru dievnama 250 jubilejas gads! Pavasarī tiek sākts apdzīvot draudzes mājas rietumu daļu – nu te notiek Bībeles stundas, svētdienas skolas nodarbības, draudzes padomes un valdes sanākšanas, svētdienu sadraudzības galds, Lasītāju kluba saieti, svētdienas skolas skolotāju sanāksmes, ansambļa mēģinājumi u. c.
Pļaujas svētkos, 2. oktobrī, tiek svinēta Biķeru dievnama 250 gadu jubileja. Par godu šim notikumam svētku dienas priekšvakarā no 20.00 līdz 22.00 dievnams no ārpuses un iekšpuses tiek īpaši izgaismots. Iekšējais izgaismojums daļēji tiek saglabāts arī svētdienā. Dievkalpojumu vada LELB arhibīskaps Jānis Vanags un draudzes mācītājs Aleksandrs Bite. Kā svētkos ierasts, ar īpašām garīgām dziesmām dievkalpojumu pavada draudzes vokālais ansamblis. Pēc dievkalpojuma pie baznīcas notiek kopīga fotografēšanās. Īpaši šim notikumam sagatavotā teltī mācītājs Aleksandrs Bite lasa garu priekšlasījumu par draudzes un dievnama vēsturi.
No 4. oktobra (otrdienas) draudze dievkalpojumos lieto LELB jauno Dziesmu grāmatu. Uz mūsu draudzes grāmatu vākiem iespiests Biķeru dievnama siluets.